当前，许多企业存在兼营增值税应税项目、免税项目和简易计税等项目的情况。若不能正确划分用于各类业务的进项税额，全额抵扣进项税额不及时转出，容易出现税务风险。

症状：连续数月税负低

A公司为一家工业生产型企业，主营业务范围为船用电器、电子和配电控制设备的制造，因业务实际情况，其部分货物享受货物免征增值税优惠。税务机关在对A公司开展进项疑点核查时发现，A公司申报表上留有金额较大的留抵税额，且近几个月税负率偏低。通过进一步比对申报明细与进销发票记录发现，A公司有免税销售收入，且占总销售收入的比例较大。经查，A公司所有进项税额均已抵扣，且无进项税额转出，税负率为1.43%，远低于同行业平均水平。

诊断：进项税额转出不及时

税务机关认为，A公司税负率偏低，与没有正确处理用于增值税免税项目的进项税额有关，未按规定作进项税额转出，存在税务风险。

税务机关通过调查发现，A公司在购进物资或服务时，没有区分是用于免税项目还是增值税应税项目，一律全额抵扣，在纳税申报时，也没有按照有关规定作进项税额转出。

根据《增值税暂行条例》第十条规定，用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务的进项税额，不得从销项税额中抵扣，A公司用于免税项目的进项税额不得抵扣，应作转出处理。同时，根据《增值税暂行条例实施细则》第二十六条规定，一般纳税人兼营免税项目或者非增值税应税劳务而无法划分不得抵扣的进项税额的，按下列公式计算不得抵扣的进项税额：不得抵扣的进项税额=当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额、非增值税应税劳务营业额合计÷当月全部销售额、营业额合计。

根据上述规定，A公司需按照收入配比计算不得抵扣的进项税额并作转出。最终，A公司查补应转出进项税额346.4万元，冲减208.9万元的留抵税额后，补税入库137.5万元，并缴纳了相应的滞纳金。

处方：加强兼营项目管理

上述案例表明，企业应当规范免税项目、简易计税项目和非增值税应税项目等特殊项目进项税额的归集及核算，增强对增值税进项税额抵扣相关政策的理解，防范进项税额抵扣引发的税务风险。

在实践中，对于难以划分不得抵扣的进项税额时，企业可先全部认证抵扣，待产品出库等可准确划分进项时，再计算不得抵扣的进项税额并作转出处理。对于无法划分、不得抵扣的进项税额，要及时计算当月不得抵扣的进项税额并转出。还需注意的是，企业在计算不得抵扣的进项税额时，对取得的免税项目销售额、简易计税项目销售额，应按照不含税销售额计算。

同时，税务机关也应加强对存在兼营免税项目、简易计税项目和应税项目的企业的辅导和管控，关注企业免税销售收入与总收入占比与进项税额转出情况是否相符，及时掌握风险疑点，做到优惠政策应享尽享。